Le groupe des Directions Centrales est constitué des directions techniques et administrative, des unités de coordination des programmes, des unités d’appui, et du CIFAS rattaché à la Direction générale :

 
Les Directions Techniques sont :

● La Direction de Population et de Développement Humain (DPDH)

● La Direction d’Organisation des Services de Santé (DOSS)

● La Direction de Formation et de Perfectionnement en Sciences de la Santé (DFPSS)

● La Direction de la Santé de la Famille (DSF)

● La Direction des Soins Infirmiers (DSI)

● La Direction de Promotion de la Santé et de Protection de l’Environnement (DPSPE)

● La Direction de la Pharmacie, du Médicament et de la Médecine Traditionnelle (DPM/MT)

● La Direction d’Epidémiologie, de Laboratoires, de Recherche (DELR)

 
La Direction Administrative comprend :

● La Direction de l’Administration et du Budget (DAB)

● La Direction des Ressources Humaines (DRH)

 
Les Unités de Coordination de Programmes :

● L’Unité de Coordination des Maladies infectieuses et transmissibles IST/VIH/SIDA, TB, Malaria, Filariose Lymphatique, Lèpre

○ Programme National de lutte contre le Sida(PNLS)

○ Programme National de lutte contre la Malaria(PNCM)

○ Programme National de Sécurité Transfusionnelle(PNST)

● L’Unité de Coordination Nationale du Programme de Vaccination

● L’Unité de Coordination Nationale du Programme de Nutrition

● Centre Ambulancier National (CAN).

● Laboratoire National de Santé Publique(LNSP).

● L’Unité Nationale de Gestion Sanitaire (UNGUS)

 
Les Unités d’Appui :

● L’Unité d’Appui à la Décentralisation Sanitaire (UADS)

● L’Unité d’Évaluation et de Programmation(UEP)

● L’Unité Juridique (UJ)

● L’Unité de Communication et des Relations Publiques (UCRP)

 
L’Unité rattachée à la Direction générale :

● Le Centre d’Information et Formation en Administration de la Santé (CIFAS)